Juan Carlos Onetti nace en Montevideo (Uruguay) el 1 de julio de 1909. Su padre era funcionario de aduanas descendiente de emigrantes irlandeses y su madre, Honoria Borgesera, descendía de una familia aristocrática de Rio Grande do Sul, en Brasil.

En 1922 abandona los estudios, pero a esa edad ya es un apasionado lector. A partir de este momento realiza trabajos tan variados como portero, funcionario, mozo, vendedor de entradas, etc.

Con catorce años, en 1923, envía sus primeros cuentos y poemas a la revista El Mundo Uruguayo, pero no son aceptados.

En 1930, se casa con María Amalia Onetti, prima del escritor. Este mismo año la familia se establece en Buenos Aires. Sigue desarrollando trabajos ajenos a la literatura, si bien, gracias a la mediación de su amigo, escritor y periodista, Conrado Nalé Roxlo, comienza a colaborar como crítico de cine en el diario Crítica.

En 1931 nace su primer hijo, Jorge.

En 1932 escribe la primera versión de El pozo. Esta primera versión se perdió y nunca fue publicada.

En enero de 1933 publica su primer cuento «Avenida de Mayo-Diagonal-Avenida de Mayo», en el periódico de Buenos Aires, La Prensa. Se separa de su primera mujer.

En 1934 vuelve a Montevideo, donde se casa con María Julia, hermana de su primera mujer. Sigue frecuentando Buenos Aires.

En 1935 y 1936 se publican en La prensa de Buenos Aires «El obstáculo» y «El posible Baldi». En estos años inicia la escritura de Tiempo de abrazar y Los niños en el bosque, obras que no serán publicadas hasta mucho más tarde.

En 1936 intenta enrolarse infructuosamente en las Brigadas Internacionales.

En 1937 aparece la primera nota firmada por él en la prensa uruguaya, en el diario El País: una defensa de la obra teatral La fuga en el espejo, de su amigo el escritor Paco Espínola.

En 1939 ocupa el puesto de secretario de redacción del diario Marcha. En este mismo periódico mantendrá una columna cultural titulada «La piedra en el charco» que firma con el seudónimo de Periquito el Aguador. Aparece su primera novela, El pozo, en Ediciones Signo, con una tirada de quinientos ejemplares.

En 1940, con el seudónimo H.C. Ramos, presenta el relato Convalescencia al concurso de cuentos del diario Marcha, que obtiene el primer premio. Con el pseudónimo de Groucho Marx comienza a publicar otra columna en este periódico.

En 1941, tras abandonar Marcha, empieza a trabajar en Montevideo para la agencia de noticias Reuters. En este período se produce su integración en la vida cultural y literaria de Montevideo. Este mismo año Reuters lo traslada a Buenos Aires como secretario de redacción. Paralelamente trabaja como secretario de redacción de las revistas Vea y Lea e Ímpetu. En junio aparece la novela Tierra de nadie, premiada con el segundo puesto en el Concurso Ricardo Güiraldes. El 6 de junio La Nación publica su primer cuento importante, «Un sueño realizado».

En 1943, la revista Apex de Montevideo publica su relato «Mascarada» y la editorial bonaerense Poseidón Para esta noche (inicialmente titulada El perro tendrá su día).

En 1944 sus relatos «La larga historia» y «Bienvenido, Bob» aparecen respectivamente en Alfar de Montevideo y La Nación de Buenos Aires. Entrevista al, en ese entonces, coronel Juan Domingo Perón.

En abril de 1945, se casa con su tercera mujer, Elizabeth María Pekelharing, una compañera de trabajo de la agencia Reuters. Publica en el semanario Marcha, su cuento «Nueve de julio»; y en 1946 en el periódico La Nación, dos cuentos, «Regreso al sur» y «Ejsberg en la costa».

En 1950 se publica la primera edición de La vida breve, donde aparece por vez primera Santa María, escenario de la mayor parte de sus narraciones posteriores. En 1951 nace su hija Isabel María (Litty). Aparece en la editorial Número, de Montevideo, la antología Un sueño realizado y otros cuentos, prologado por Mario Benedetti.

A lo largo de 1953 el escritor toma contacto con la revista Sur, dirigida por Victoria Ocampo, donde publica el relato «El álbum».

En 1954 publica la novela corta Los adioses, dedicada a la poeta Idea Vilariño.

Después de su periodo en Buenos Aires, a finales del año 1955, Juan Carlos Onetti vuelve a Montevideo y trabaja en el diario Acción, donde publica varios artículos. Hacia finales de este año se casa, por cuarta vez, con la joven argentina Dorothea Muhr, que será su compañera hasta el final de sus días.

En 1956, viaja a Bolivia como corresponsal de la revista Acción, en un momento en que había revueltas obreras. En Montevideo publica los cuentos «Historia del Caballero de la Rosa y de la virgen encinta que vino de Liliput», en la revista Entregas de la Licorne de la escritora Susana Soca.

En 1957, la revista Ficción de Buenos Aires publica el cuento «El infierno tan temido». El 2 de abril de ese mismo año, es nombrado Director de Bibliotecas en la División de Artes y Letras de la Intendencia Municipal de Montevideo, cargo que ocupa hasta su renuncia en 1975.

En 1959 Onetti publica la novela Una tumba sin nombre.

En 1960, aparece la novela La cara de la desgracia en la colección Letras de hoy, versión ampliada del cuento La larga historia, de 1944. Su relato Jacob y el otro recibe una mención en el concurso de la revista Life en español, ganado por el argentino Marco Denevi con Ceremonia secreta.

En 1961 «Jacob y el otro» se publica en el volumen colectivo Ceremonia secreta y otros cuentos, en la editorial Doubleday, de Nueva York. Aparece El astillero en la editorial Compañía General Fabril Editora, de Buenos Aires. Se traduce por primera vez, al francés, uno de sus cuentos: «¡Salut, Bob!» («Bienvenido, Bob»), publicado en la revista Les Nouvelles.

En 1962 recibe en Uruguay el Premio Nacional de Literatura (bienio 1959/1960). Se publica su segundo libro de cuentos: El infierno tan temido y otros cuentos.

En 1963 se traduce al inglés «Jacob y el otro» («Jacob and the Other»), en una antología editada por Doubleday.

En 1964 aparece el cuento «Justo el treintaiuno» en la revista Marcha y se publica la novela Juntacadáveres, en Alfa.

En 1966 asiste al XXXIV Congreso del Pen Club, celebrado en Nueva York.

En 1967, Juntacadáveres queda finalista en el Premio Rómulo Gallegos de Novela Hispanoamericana. El premio lo obtuvo Mario Vargas Llosa por su novela La casa verde. Aparece la primera edición de sus Cuentos completos, publicada en Buenos Aires por el Centro Editor de América Latina.

La editorial francesa Stock publica la traducción al francés de El astillero (Le chantier). Participa en Caracas en la segunda reunión del XIII Congreso Internacional de Literatura Iberoamericana y en México en el II Congreso Latinoamericano de Escritores.

En 1968 la Revista del Ateneo de Caracas publica su cuento «La novia robada», que a su vez dará título al volumen La novia robada y otros cuentos que ese mismo año aparece en Buenos Aires, en el Centro Editor de América Latina. En la editorial Monte Ávila, de Caracas, ve la luz una recopilación de sus novelas cortas.

En 1969 viaja a Chile para participar en el Congreso de Escritores Latinoamericanos de Concepción, considerado como uno de los hitos de lo que se dio a conocer como el boom de la narrativa latinoamericana.

En 1970 la editorial Aguilar publica en México la edición de sus Obras completas, en la que se excluyen algunos cuentos de su primera época, entre otros escritos. Aparece su relato «Matías el telegrafista» en la revista Macedonio, de Buenos Aires. Se publica la edición italiana de Juntacadáveres.

En 1972, en una encuesta de escritores uruguayos realizada por el semanario Marcha, es elegido como el mejor narrador uruguayo de los últimos cincuenta años. Este hecho coincidió con la traducción de la novela El Astillero, al italiano (Il cantiere). Esta obra se intentó llevar al cine en México infructuosamente. Julio Jaimes, con el asesoramiento de Jorge Ruffinelli, filma el documental Onetti, un escritor.

En 1973 viaja a España a impartir una serie de conferencias invitado por el Instituto de Cultura Hispánica. Se publica en la editorial Corregidor de Buenos Aires La muerte y la niña . La revista bonaerense Crisis incluye en sus páginas su relato «Las mellizas».

En 1974 Onetti y miembros del semanario Marcha son detenidos por el régimen militar y encarcelados desde enero hasta mayo; en octubre, Onetti viaja a Roma para recibir el premio a la mejor novela de autor latinoamericano traducida al italiano en los años 1972-1973 por El Astillero. La revista Cuadernos Hispanoamericanos del Instituto de Cultura Hispánica de Madrid, le dedica una edición especial como homenaje. Jorge Ruffinelli coordina dos colecciones de sus cuentos. La primera, Tiempo de abrazar y cuentos de 1933 a 1950 aparece en la editorial Arca de Montevideo. La segunda, Cuentos completos, ve la luz en el sello Corregidor, de Buenos Aires, y en ella se incluyen todos sus relatos publicados hasta 1971.

En 1975, se publica Réquiem para Faulkner y otros artículos en la editorial Arca, es una selección de sus colaboraciones para Marcha y Acción. Viaja a Madrid invitado para participar en un congreso sobre el Barroco organizado por el Instituto Internacional de Literatura Iberoamericana. Aquí fijará su residencia hasta su fallecimiento.

En 1976 viaja a Cuba para formar parte del jurado del Premio Casa de las Américas y, en septiembre, viaja a México para integrar un jurado internacional en un concurso de novelas. En Xalapa participa en un congreso de escritores dedicado a examinar su obra. Se edita en la editorial Lumen de Barcelona la recopilación de cuentos Tan triste como ella y otros cuentos, que incluye el relato inédito «El perro tendrá su día».

En 1978, comienza a colaborar con la agencia EFE. Publica en la revista Cuadernos Hispanoamericanos el cuento «Presencia», en el que Onetti hace referencia a la situación política en Uruguay. Recibe un homenaje en la Universidad de París-La Sorbonne.

En 1979 preside el Primer Congreso Internacional de Escritores de Lengua Española en Las Palmas de Gran Canaria, aunque se negó a participar en ninguno de sus actos. En octubre, la editorial Bruguera/Alfaguara publica la novela Dejemos hablar al viento, que obtendrá el Premιo de la Crítica.

En 1980 es propuesto para el Premio Nobel de Literatura por el Pen Club latinoamericano. Es galardonado con el Premio Cervantes de Literatura.

En 1981 aparece el cuento «Jabón». Asiste en Veracruz (México) a un homenaje a su obra que organiza la Universidad de dicha ciudad.

En 1982 aparecen en la Revista de Bellas Artes de México sus relatos «El mercado» y «El cerdito».

En 1983 reinicia su colaboración con los medios uruguayos enviando artículos al semanario Jaque. Se publica el relato «Luna llena» en la revista Nueva Estafeta de Madrid.

Tras el fin de la dictadura, en 1984 Uruguay elige presidente de la república a Julio María Sanguinetti, quien invita a Juan Carlos Onetti a asistir a su toma de posesión.

En 1985 recibe en Madrid, de manos de Julio María Sanguinetti, el Premio Nacional de Literatura. Comienza a colaborar con la revista uruguaya Brecha, en muchos sentidos sucesora de Marcha.

En 1986 ve la luz el relato «El árbol» en Cuadernos de Marcha. Se publica la recopilación de relatos Presencia y otros cuentos en el sello madrileño Almaburu y en la editorial Marcha de Montevideo Cuentos secretos: Periquito el aguador y otras máscaras.

En 1987 Mondadori publica Cuando entonces.

En 1989 el director argentino Pedro Stocky lleva al cine La cara de la desgracia.

En 1990 recibe el Premio de la Unión Latina de Literatura, y en 1991 el Gran Premio Rodó a la labor intelectual por la Intendencia Municipal de Montevideo. Este mismo año se estrena en Montevideo el documental Onetti. Retrato de un escritor, realizado por Juan José Mugni.

En 1992 la Universidad de Stanford (California), por iniciativa de Jorge Ruffinelli, digitaliza el registro total de las obras de Onetti.

En 1993 Alfaguara edita su novela Cuando ya no importe.

En 1994 se celebran en la Facultad de Humanidades y Ciencias de la Educación de la Universidad de la República las Primeras Jornadas de Literatura Rioplatenses de Literatura, en homenaje al escritor. La editorial Alfaguara publica una nueva edición de sus Cuentos completos, entre los que se cuentan dos relatos inéditos: «Ella» y «La araucaria». Muere el 30 de mayo en Madrid.

En 1995 se edita póstumamente un nuevo título de Juan Carlos Onetti, Confesiones de un lector, en la Editorial Alfaguara.