En 1993, recibe el Premio Literario Elle por su obra El año del Diluvio y en 1996, publica Una comedia ligera, elegida como Mejor Libro Extranjero (1998, Francia). En 2001 edita La aventura del tocador de señoras, por la que recibe el Premio del Gremio de Libreros de Madrid y publica el ensayo Pío Baroja.

Un año después, publica El último trayecto de Horacio Dos, y en 2004 estrena la obra teatral Greus qüestions (Graves cuestiones) en el Festival de Temporada Alta de Gerona. No vuelve a publicar hasta 2006 con otra obra de teatro Glòria y la novela Mauricio o las elecciones primarias, que obtiene el Premio de Novela de la Fundación José Manuel Lara Hernández. En este año, Llátzer Moix publica Mundo Mendoza sobre el autor.

Los próximos años son fructíferos: ¿Quién se acuerda de Armando Palacio Valdés? (2007), El asombroso viaje de Pomponio Flato (2008) y en el 2009, Tres vidas de santos con el cual debuta en el género de relato e incluye los cuentos La ballena, El malentendido y El final de Dubslav. El novelista, bajo el seudónimo de Ricardo Medina, gana el 15 de octubre de 2010 la LIX edición del Premio Planeta de Novela, con Riña de gatos. Madrid, 1936.

El 25 de octubre de 2011, la Biblioteca del Instituto Cervantes en Cracovia recibe el nombre de Eduardo Mendoza.

En 2015 es galardonado con el premio checo Franz Kafka, concedido por su trayectoria literaria y en el que han destacado especialmente su obra La verdad sobre el caso Savolta.

En 2016 se le concede el Premio Cervantes. Y en los últimos años ha publicado Qué está pasando en Cataluña (2017); El rey recibe (2018), primera parte de una trilogía; Baroja y yo: por qué nos quisimos tanto (2019); El negociado del yin y el yan, segunda parte de la trilogía (2019); Las barbas del profeta (2020) y Transbordo en Moscú (2021), última parte de la trilogía, Tres enigmas para la organización (2024) y La intriga del funeral inconveniente (2026).

Cronología de obras

Novela

1975 - La verdad sobre el caso Savolta

1979 - El misterio de la cripta embrujada

1982 - El laberinto de las aceitunas

1982 - Campo de la verdad

1982 - Los soldados de plomo

1986 - La ciudad de los prodigios

1986 - Nueva York

1989 - La isla inaudita

1989 - Barcelona modernista

1991 - Sin noticias de Gurb

1992 - El año del diluvio

1992 - El enigma Icaria

1996 - Una comedia ligera

2001 - La aventura del tocador de señoras

2002 - El último trayecto de Horacio Dos

2006 - Mauricio o las elecciones primarias

2008 - El asombroso viaje de Pomponio Flato

2009 - Tres vidas de santos

2010 - Riña de gatos. Madrid, 1936

2011 - El camino del cole

2012 - El enredo de la bolsa y la vida

2015 - El secreto de la modelo extraviada

2015 - Los soldados de Cataluña (edición conmemorativa: 40º aniversario de la publicación de la novela La verdad sobre el caso Savolta)

2017 - Las barbas del profeta

2018 – El rey recibe

2019 – El negociado del yin y el yan

2020 – Las barbas del profeta

2021 – Transbordo en Moscú

2024 – Tres enigmas para la organización

2026 – La intriga del funeral inconveniente

Teatro

1990 - Restauració

2004 - Greus qüestions

2006 - Glòria

2017 - Teatro reunido

Ensayo

1986 - Nueva York

1986 - Barcelona modernista, en coautoría con su hermana Cristina

2001 - Pío Baroja

2007 - ¿Quién se acuerda de Armando Palacio Valdés? Escritores en lengua española. Veinticuatro presentaciones y dos prólogos

2017 - Qué está pasando en Cataluña