En 1988 recibió el Premio Castilla y León de las Letras, y un año después el Premio de la Crítica por El grano de maíz rojo. En 1992 obtuvo el Premio Nacional de las Letras Españolas y, en 1999, la Medalla de Oro al Mérito en las Bellas Artes. En 2002 recibió el Premio Miguel de Cervantes por toda su trayectoria. En junio de 2019, recibió la Medalla de Oro de la Provincia de Ávila.

Entre sus novelas pueden señalarse Historia de un otoño (1971), que describe la destrucción de la abadía francesa de Port-Royal des Champs, El sambenito, que alude al proceso inquisitorial del ilustrado Pablo de Olavide, o las obras La salamandra y Duelo en la casa grande, con historias de la guerra civil y su posguerra. Otras de sus obras son La boda de Ángela, Las sandalias de plata, Ronda de noche, Los lobeznos, Un hombre en la raya, Sara de Ur, Maestro Huidobro, El viaje de Jonás.

Jiménez Lozano publicó varios volúmenes de cuentos, como El santo de mayo, El grano de maíz rojo, Los grandes relatos, El cogedor de ancianos, Un dedo en los labios (en el que todos los personajes protagonistas son mujeres) y La querencia de los búhos. Entre sus ensayos destacan Los cementerios civiles y la heterodoxia española, Guía espiritual de Castilla, Sobre judíos, moriscos y conversos, El narrador y sus historias, Los ojos del icono y Retratos y naturalezas muertas. En ellos se aprecian influencias de Descartes, Pascal, Spinoza, Kierkegaard y Dostoievski, entre otros. Es autor de seis poemarios, que se encuentran según la crítica entre el clasicismo y el haiku: Tantas devastaciones, Un fulgor tan breve, Tiempo de Eurídice, Pájaros, Elegías menores y Elogios y celebraciones. Además escribió varios tomos de diarios, como Los cuadernos de letra pequeña.

En febrero de 2017 presentó en su pueblo natal, Langa, el libro De Ávila a Constantinopla: los viajes fabulosos de José Jiménez Lozano, estudio sobre las raíces de su mundo imaginario. También publicó Buscando un amo, una recopilación de artículos, y recogió la cruz 'Pro Ecclesia et Pontifice'.

Su última novela, Memorias de un escribidor, salió a la luz en 2018, y en ese mismo año, la revista de poesía Temblor publicó, en su cuarto número, un homenaje a la obra poética de José Jiménez Lozano.