En 1993, recibe el Premio Literario Elle por su obra El año del Diluvio y en 1996, publica Una comedia ligera, elegida como Mejor Libro Extranjero (1998, Francia). En 2001 edita La aventura del tocador de señoras, por la que recibe el Premio del Gremio de Libreros de Madrid y publica el ensayo Pío Baroja.
Un año después, publica El último trayecto de Horacio Dos, y en 2004 estrena la obra teatral Greus qüestions (Graves cuestiones) en el Festival de Temporada Alta de Gerona. No vuelve a publicar hasta 2006 con otra obra de teatro Glòria y la novela Mauricio o las elecciones primarias, que obtiene el Premio de Novela de la Fundación José Manuel Lara Hernández. En este año, Llátzer Moix publica Mundo Mendoza sobre el autor.
Los próximos años son fructíferos: ¿Quién se acuerda de Armando Palacio Valdés? (2007), El asombroso viaje de Pomponio Flato (2008) y en el 2009, Tres vidas de santos con el cual debuta en el género de relato e incluye los cuentos La ballena, El malentendido y El final de Dubslav. El novelista, bajo el seudónimo de Ricardo Medina, gana el 15 de octubre de 2010 la LIX edición del Premio Planeta de Novela, con Riña de gatos. Madrid, 1936.
El 25 de octubre de 2011, la Biblioteca del Instituto Cervantes en Cracovia recibe el nombre de Eduardo Mendoza.
En 2015 es galardonado con el premio checo Franz Kafka, concedido por su trayectoria literaria y en el que han destacado especialmente su obra La verdad sobre el caso Savolta.
En 2016 se le concede el Premio Cervantes. Y en los últimos años ha publicado Qué está pasando en Cataluña (2017); El rey recibe (2018), primera parte de una trilogía; Baroja y yo: por qué nos quisimos tanto (2019); El negociado del yin y el yan, segunda parte de la trilogía (2019); Las barbas del profeta (2020) y Transbordo en Moscú (2021), última parte de la trilogía, Tres enigmas para la organización (2024) y La intriga del funeral inconveniente (2026).
Cronología de obras
Novela
1975 - La verdad sobre el caso Savolta
1979 - El misterio de la cripta embrujada
1982 - El laberinto de las aceitunas
1982 - Campo de la verdad
1982 - Los soldados de plomo
1986 - La ciudad de los prodigios
1986 - Nueva York
1989 - La isla inaudita
1989 - Barcelona modernista
1991 - Sin noticias de Gurb
1992 - El año del diluvio
1992 - El enigma Icaria
1996 - Una comedia ligera
2001 - La aventura del tocador de señoras
2002 - El último trayecto de Horacio Dos
2006 - Mauricio o las elecciones primarias
2008 - El asombroso viaje de Pomponio Flato
2009 - Tres vidas de santos
2010 - Riña de gatos. Madrid, 1936
2011 - El camino del cole
2012 - El enredo de la bolsa y la vida
2015 - El secreto de la modelo extraviada
2015 - Los soldados de Cataluña (edición conmemorativa: 40º aniversario de la publicación de la novela La verdad sobre el caso Savolta)
2017 - Las barbas del profeta
2018 – El rey recibe
2019 – El negociado del yin y el yan
2020 – Las barbas del profeta
2021 – Transbordo en Moscú
2024 – Tres enigmas para la organización
2026 – La intriga del funeral inconveniente
Teatro
1990 - Restauració
2004 - Greus qüestions
2006 - Glòria
2017 - Teatro reunido
Ensayo
1986 - Nueva York
1986 - Barcelona modernista, en coautoría con su hermana Cristina
2001 - Pío Baroja
2007 - ¿Quién se acuerda de Armando Palacio Valdés? Escritores en lengua española. Veinticuatro presentaciones y dos prólogos
2017 - Qué está pasando en Cataluña
